Они — дети атомного века, сверх люди, новое звено в цепи эволюции. Каждый из них был рождён в результате уникальной генетической мутации, наделившей их с детства необыкновенными способностями. В мире, где царят ненависть и предрассудки, мутанты — причуда науки и каприз природы. Этих изгоев ненавидят и боятся, те, кто не способен понять и принять их индивидуальность. И всё же, несмотря на невежество и агрессивность масс, тысячи мутантов выживают.

Прошло уже 18 лет. У "старых" мутантов появилось потомство, более новый и совершенный вид, который готов сражаться за своё место в это мире, за право на жизнь.

Не смотря на то что профессор Чарльз Ксавьер мёртв, его академия продолжает жить под руководством могущественной Джин Грей и её мужа Скотта Саммерса, они получили свои знания от Профессора, а теперь благодаря им, одарённые ученики научились контролировать и управлять своими удивительными способностями в интересах человечества.

Но не все мутанты разделяют взгляды Профессора, Джин Грей, Скотта Саммерса и других таких же мутантов: могущественный мутант Магнето, который когда-то лишился своей способности подчинять себе все металлы, каким-то образом вернул себе свою способность и вновь собрал команду единомышленников. Он всё так же не верит, что люди и мутанты когда-либо смогут мирно сосуществовать. Они разработали план, чтобы осуществить захват власти над миром, и тогда, только ученики и дети профессора Ксавьера, Джин Грей, и Скотта Саммерса смогут защитить этот мир…

Но есть ещё одна команда в мире мутантов. Они называют себя "Братством". Их взгляды, схожи со взглядами Команды Магнето, но не присоединяются к ним они о одной простой причине - Братство мутантов дорожит свободой. Они не хотят кому-то подчиняться, в их команде все равны и работают сообща, не помыкаю своими сокомандниками. 

Назревает новая война, между тремя командами, кто возьмёт верх? И будет ли спасено человечество?